第二次冉丹战争结束后，帝皇与穆诞·阿剃圣也得以团聚在了一起。
只不过，当帝皇得知穆诞·阿剃圣已经舍弃了基因原体的肉身，化为了天网级别的数字生命时，帝皇的表情简直难看到了极点。因为，帝皇知道他那挽回铁人技术的计划失败了，穆诞·阿剃圣即使如今已然回归，也将无法得到有效的控制。
帝皇本想利用亲情和大义来感化穆诞·阿剃圣，好让其心甘情愿的留下来，为整个人类帝国效力或牺牲。
但穆诞·阿剃圣敏锐的察觉到自己与帝皇的理念不合，于是果断拒绝了这份提议，并当着帝皇和其他原体兄弟们的面，言词犀利的顶撞和抨击着帝皇在管理帝国时的各项弊端与不仁之举。
双方对此爆发了激烈的言语冲突和理念碰撞，气氛一度火药味十足。而旁边的原体兄弟们，则吓得噤若寒蝉，不敢插嘴。
此时的帝皇，由于与冉丹“萨总”交手后的伤势尚未痊愈，再加上他本身也不想直接打杀了这个逆子，所以没有亲自动手，而是命令手底下的禁军和寂静修女将其拿下，想直接用武力将其屈服过后，再图慢慢改造他的想法，使其变成人类帝国手中一件好用的“工具”。
而这一切，也都在其他几位基因原体的眼中进行。特别是在第十六军团原体·荷鲁斯·卢佩卡尔的心中，开始慢慢产生了一股额外的想法。
见帝皇想要将自己拿下，已经成为了奥创天网般存在的穆诞·阿剃圣，本可数据上传一走了之的。但他没有，而是直接召唤出了自己的近卫队，与帝皇所下达的命令硬刚了起来。
穆诞·阿剃圣的近卫队，是一群覆盖了强相互作用力材料装甲，物理抗性点满，单体实力属性是普通阿斯塔特星际战士一万倍的大秦玄衣甲卫。
大秦玄衣甲卫虽然功能非常的局限，但在祖龙的世界中，已经证明了它作为护卫战将型机器人的可靠与强大。
很显然，在没有灵能的协助下，无论禁军和寂静修女如何联手围攻，也拿穆诞·阿剃圣的近卫队没有半点办法。
这一下，感觉自己丢了面子的帝皇，终于震怒了！只见他直接从自己的王座上站了起来，全身所散发的金色灵能光芒，如同太阳一般炽烈耀眼，誓要当场将穆诞·阿剃圣和其近卫队一起进行镇压！
穆诞·阿剃圣也是个倔脾气，从小在赛博科技巢都的不公经历，让他拥有了一颗不畏惧强权的心。
最后，一场小规模的战斗打响了，双方在经过了一番“父慈子孝”后，发现谁也奈何不了谁。一个是金色的灵能大只佬，一个是拥有不死之身的数字生命，谁也杀不死谁！
无奈之下，饱含着内心愤怒的帝皇，只能将穆诞·阿剃圣进行了驱逐，而原本打算留给他的第二军团则是直接解散，两人恩断义绝。除此之外，他也将会和第十一军团那个认同自己是异形的失败基因原体一样，被人类帝国永久除名。从此往后，不准任何人再提及有关第二军团和第十一军团原体的信息。因为这将是令帝国最为蒙羞之事，绝不可后世流传。
在处理完了这些烦心事后，帝皇便重新坐回到了他位于旗舰内的王座之上。大远征还在继续进行，冉丹异形的危机也已然解除，一个又一个失落的殖民地被找回，仿佛一切都在向好的方向发展，但为何就是心绪不宁呢？
每当帝皇一闭眼，脑海中就会自动浮现出人类被异形屠杀哀嚎的惨状，以及最后穆诞·阿剃圣当面怒斥、顶撞和抨击自己政策的话语。
特别是那一句：“你真的把我们基因原体当作了你的孩子看待吗？不！你只是把我们当成了你实现目的的工具！你真的深爱着人类吗？不！你只不过是在给自己寻找一个人生的目标，一份伟大的成就，一个足以心安的理由，一道自我安慰的借口！”
有时候，帝皇也会扪心自问的想：“我真的错了吗？不！我没得选！如果不这么做，人类就无法获救。没有牺牲，哪来的救赎？当初背弃我的永生者是这样，迩达是这样，欧姆·弥赛亚是这样，你们也是这样。所有与我亲近之人，根本就不理解我，甚至选择背叛我！我会证明的！我会证明我是正确的！人类，将会在我的手中，再次伟大！”
很快，帝皇就重新恢复了往日的傲然与斗志，他开始思考起冉丹异形的由来与人类帝国未来的发展。
帝皇认为，冉丹异形的很多行为都很古怪，它们就如同凭空出现的一般。且内部异形的种类错综复杂，但科技水平和战斗能力又出奇的强大，光是两次战争，就给人类帝国造成了巨大的损失。所以，必须将这股心腹大患赶尽杀绝，不能有任何让其死灰复燃的趋势。
与此同时，帝皇通过与冉丹“萨总”的交手来看，猜测这股异形势力，很有可能与亚空间有关。根据亚空间的特性，试想一下，如果有什么亚空间恶魔附身夺舍了大量的异形信徒，并将其组织成了一个异形帝国的话，那么就很好的解释了为什么冉丹内部会出现那么多不同种类异形的缘由。